В апреле 2001 года Совфлот взял под управление первый балкер класса handymax, с дедвейтом 44 759 тонн. Спустя три года количество судов типов handysize и handymax под управлением компании увеличилось до шести. В 2006 году в полное управление компании перешло первое судно типа supramax, что укрепило её позиции на рынке управления судами.
Летом 2007 года Совфлот создал собственную крюинговую службу, что позволило компании эффективно управлять подбором и обслуживанием экипажей.
За четыре месяца до начала финансового кризиса 2008 года Совфлот вышел из судоремонтного бизнеса, сосредоточив свою деятельность на традиционных услугах по управлению судами.
В 2013 году руководство приняло решение о переносе всех операций в новую локацию, где функции управления судами и консалтинга в области судоходных инвестиций были полностью централизованы.